V roku 1856 diecézny architekt Karol May vyhotovil stavebné plány a začali sa stavať základy z kameňa privezeného z vozokanského kameňolomu. Kostolík bol vysvätený 21. novembra 1869. Oltár, kazula bielej farby i strieborný kalich pochádzali z vybavenia kaplnky Grassalkovičovho paláca v Bratislave. Farár z bratislavskej kaplnky dal pre krtovský kostol vyhotoviť kópiu misálu a daroval mu ju. Farár Jozef Poeck dal doviezť z Viedne sochu P. Márie. V roku 1874 bol vysvätený aj nový cintorín.